主人公·翔子是就讀于流星學園中等部的中學生。和她很親密的姐姐·響子，自從5年前去海外留學后就失去了行蹤。某天，身份不明者突然襲擊了翔子。襲擊了她的是過去被女神雅典娜所封印的邪神厄里斯的手下·邪精靈。于是翔子得知了雅典娜以及圣斗士、圣斗少女的存在，同時也知道了自己和姐姐的殘酷宿命。靈魂被封印的邪神厄里斯即將復活，邪精靈們也變得活躍。在星矢等人展開銀河戰爭以及與十二宮的惡斗的另一面，沙織和圣斗少女借助黃金圣斗士的力量，展開了與邪精靈的壯烈戰斗！
并且，惡之撒加也有了復活的征兆……。將一切的鑰匙掌握在手的，是為了成為圣斗少女而剛剛開始鍛煉的翔子！即使被殘酷的命運擊倒，少女們仍然反抗命運。少女們與諸神的壯烈戰斗物語開幕！